方案同时提出，到2035年，横向生态保护补偿机制建设全面覆盖长江、黄河等重点流域干流及其重要支流，补偿内容更加丰富、方式更加多样、标准更加完善、机制更加成熟。

根据方案，中央财政积极发挥协调引导作用，在长江、黄河干流建立统一的横向生态保护补偿机制，组织相关省份参与，实现经济利益省际合理横向转移。积累经验后，逐步推广至其他重点流域。坚持低起步、缓调整，每三年开展一次政策评估调整，合理确定补偿指标和资金规模，确保与水生态环境保护形势相适应、地方财力可承受。

方案提出了五方面主要措施：统一核算补偿资金、规范资金缴纳划拨程序、创新资金使用管理措施、落实保护治理任务、加强政策衔接；并明确了组织保障方面的具体举措。