检察机关在审查起诉阶段，依法告知了被告人苟仲文享有的诉讼权利，并讯问了被告人，听取了辩护人的意见。检察机关起诉指控：被告人苟仲文利用担任北京市政府副市长，北京市委常委，北京市委副书记，国家体育总局党组书记、局长等职务上的便利，以及职权或者地位形成的便利条件，为他人谋取利益，非法收受他人财物，数额特别巨大；苟仲文身为国家机关工作人员，滥用职权，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失，情节特别严重，依法应当以受贿罪、滥用职权罪追究其刑事责任。