检察机关在审查起诉阶段依法告知了被告人何文忠享有的诉讼权利，并讯问了被告人何文忠，听取了辩护人的意见。检察机关起诉指控：被告人何文忠利用担任中国电子科技集团公司第十一研究所所长助理、副所长、所长，中国电子科技集团有限公司总工程师、战略规划部主任职务上的便利，为他人谋取利益，非法收受他人财物，以及在经济往来中，违反国家规定，收受回扣归个人所有，数额特别巨大，依法应当以受贿罪追究其刑事责任。