高校、科研院所是南沙深化粤港澳科技合作的重要平台。标志性项目香港科技大学（广州）已建设41个跨学科主题实验室和中央实验室，获批广东省首个具有粤港澳合作特色的大学科技园，累计立项71个国家自然科学基金项目。南沙还与香港城市大学、广东省农业科学院共建兽医领域联合实验室，推动兽医领域科研合作。

此外，南沙打造了创享湾等港澳青年创新创业基地集群，建成粤港澳（国际）青年创新工场等15个青创基地，累计孵化企业（项目）2336个，其中港澳青创团队1178个。

形式多样的粤港澳青少年交流活动，也为三地间青少年交流交往搭建了平台。粤港澳青少年交流活动总部基地、大湾区青少年国情教育实践基地等平台累计吸引超过6万名粤港澳青少年到南沙参观交流。