古国时代可进一步细分为三个阶段。第一阶段为距今5800年至5200年前后，以西辽河流域的牛河梁遗址为代表；第二阶段为距今5200年至4300年前后，社会分化进一步凸显，社会资源的调动能力加强；第三阶段为距今4300年至3800年前后，形成了一个以中原为中心的历史趋势，奠定了中国历史发展的基础。

探源工程第五阶段实施以来，多学科协同研究不断推向深入。针对山西兴县碧村遗址的白灰地面开展了测年方法研究，填补了国内技术空白。动物考古、植物考古、环境考古以及稳定同位素分析、古DNA分析的协同研究显示，距今7000年以来生业经济反映出明显的区域差异。手工业方面的研究发现，大约在距今3800年前后，中原地区手工业生产技术发生了质变。

李群表示，目前，中华文明探源工程第五阶段的许多工作还在进行之中。未来国家文物局将会同有关部门，继续推进、深化探源工程。